yat/utility/Alignment.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
183 05 Oct 04 jari 1 // $Id$
183 05 Oct 04 jari 2
675 10 Oct 06 jari 3 /*
2119 12 Dec 09 peter 4   Copyright (C) 2004 Jari Häkkinen
831 27 Mar 07 peter 5   Copyright (C) 2005 Peter Johansson
2119 12 Dec 09 peter 6   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen
4359 23 Aug 23 peter 7   Copyright (C) 2007 Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 8   Copyright (C) 2008 Jari Häkkinen, Peter Johansson
4207 26 Aug 22 peter 9   Copyright (C) 2009, 2012, 2022 Peter Johansson
183 05 Oct 04 jari 10
1437 25 Aug 08 peter 11   This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
675 10 Oct 06 jari 12
675 10 Oct 06 jari 13   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
675 10 Oct 06 jari 14   modify it under the terms of the GNU General Public License as
1486 09 Sep 08 jari 15   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
675 10 Oct 06 jari 16   License, or (at your option) any later version.
675 10 Oct 06 jari 17
675 10 Oct 06 jari 18   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
675 10 Oct 06 jari 19   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
675 10 Oct 06 jari 20   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
675 10 Oct 06 jari 21   General Public License for more details.
675 10 Oct 06 jari 22
675 10 Oct 06 jari 23   You should have received a copy of the GNU General Public License
1487 10 Sep 08 jari 24   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
675 10 Oct 06 jari 25 */
675 10 Oct 06 jari 26
2881 18 Nov 12 peter 27 #include <config.h>
2881 18 Nov 12 peter 28
680 11 Oct 06 jari 29 #include "Alignment.h"
2815 28 Aug 12 peter 30
2815 28 Aug 12 peter 31 #include "Aligner.h"
1121 22 Feb 08 peter 32 #include "Matrix.h"
1120 21 Feb 08 peter 33 #include "stl_utility.h"
675 10 Oct 06 jari 34
869 14 Sep 07 peter 35 #include <algorithm>
256 03 Mar 05 peter 36 #include <utility>
256 03 Mar 05 peter 37 #include <vector>
256 03 Mar 05 peter 38
183 05 Oct 04 jari 39 namespace theplu {
680 11 Oct 06 jari 40 namespace yat {
301 30 Apr 05 peter 41 namespace utility {
183 05 Oct 04 jari 42
4125 14 Jan 22 peter 43   double NeedlemanWunsch(const MatrixBase& s,
256 03 Mar 05 peter 44                          std::vector<std::pair<size_t, size_t> >& path,
265 11 Apr 05 peter 45                          const double gap)
183 05 Oct 04 jari 46   {
2815 28 Aug 12 peter 47     // align
2815 28 Aug 12 peter 48     Aligner aligner(gap);
2815 28 Aug 12 peter 49     double score = aligner.needleman_wunsch(s);
183 05 Oct 04 jari 50
256 03 Mar 05 peter 51     // Going backwards to find best path
2815 28 Aug 12 peter 52     size_t i = s.rows();
2815 28 Aug 12 peter 53     size_t j= s.columns();
2815 28 Aug 12 peter 54     path.clear();
2815 28 Aug 12 peter 55     while (i && j) {
2816 28 Aug 12 peter 56       if (aligner.alignment(i,j)==Aligner::diagonal) {
2815 28 Aug 12 peter 57         --i;
2815 28 Aug 12 peter 58         --j;
256 03 Mar 05 peter 59         path.push_back(std::make_pair(i,j));
256 03 Mar 05 peter 60       }
2816 28 Aug 12 peter 61       else if (aligner.alignment(i,j)==Aligner::right)
2815 28 Aug 12 peter 62         --j;
256 03 Mar 05 peter 63       else
2815 28 Aug 12 peter 64         --i;
256 03 Mar 05 peter 65     }
2815 28 Aug 12 peter 66     return score;
183 05 Oct 04 jari 67   }
183 05 Oct 04 jari 68
869 14 Sep 07 peter 69
2792 27 Jul 12 peter 70   double ssearch(std::string first, std::string second, double gap,
2792 27 Jul 12 peter 71                  double open_gap, double mismatch)
869 14 Sep 07 peter 72   {
2011 08 Jul 09 peter 73     Matrix m;
2011 08 Jul 09 peter 74     if (first.size() && second.size())
2011 08 Jul 09 peter 75       m.resize(first.size(), second.size());
869 14 Sep 07 peter 76     for (size_t i=0; i<first.size(); ++i)
869 14 Sep 07 peter 77       for (size_t j=0; j<second.size(); ++j)
2792 27 Jul 12 peter 78         m(i,j) = (first[i]==second[j] ? 1 : -mismatch);
2815 28 Aug 12 peter 79     Aligner aligner(gap, open_gap);
2815 28 Aug 12 peter 80     return aligner.smith_waterman(m);
869 14 Sep 07 peter 81   }
869 14 Sep 07 peter 82
869 14 Sep 07 peter 83
1121 22 Feb 08 peter 84   double SmithWaterman(const utility::Matrix& s,
869 14 Sep 07 peter 85                        double gap, double open_gap)
869 14 Sep 07 peter 86   {
2815 28 Aug 12 peter 87     Aligner aligner(gap, open_gap);
2815 28 Aug 12 peter 88     return aligner.smith_waterman(s);
869 14 Sep 07 peter 89   }
869 14 Sep 07 peter 90
687 16 Oct 06 jari 91 }}} // of namespace utility, yat, and theplu

Generated on Sat Oct 14 02:24:20 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)