yat/utility/Cigar.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4003 15 Oct 20 peter 1 // $Id$
4003 15 Oct 20 peter 2
4003 15 Oct 20 peter 3 /*
4003 15 Oct 20 peter 4   Copyright (C) 2020 Peter Johansson
4003 15 Oct 20 peter 5
4003 15 Oct 20 peter 6   This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
4003 15 Oct 20 peter 7
4003 15 Oct 20 peter 8   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
4003 15 Oct 20 peter 9   modify it under the terms of the GNU General Public License as
4003 15 Oct 20 peter 10   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
4003 15 Oct 20 peter 11   License, or (at your option) any later version.
4003 15 Oct 20 peter 12
4003 15 Oct 20 peter 13   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
4003 15 Oct 20 peter 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4003 15 Oct 20 peter 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
4003 15 Oct 20 peter 16   General Public License for more details.
4003 15 Oct 20 peter 17
4003 15 Oct 20 peter 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
4003 15 Oct 20 peter 19   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
4003 15 Oct 20 peter 20 */
4003 15 Oct 20 peter 21
4003 15 Oct 20 peter 22 #include <config.h>
4003 15 Oct 20 peter 23
4003 15 Oct 20 peter 24 #include "Cigar.h"
4003 15 Oct 20 peter 25 #include "Exception.h"
4003 15 Oct 20 peter 26
4003 15 Oct 20 peter 27 #ifdef YAT_HAVE_HTSLIB
4003 15 Oct 20 peter 28 #include <htslib/sam.h>
4003 15 Oct 20 peter 29 #endif
4003 15 Oct 20 peter 30
4003 15 Oct 20 peter 31 #include <sstream>
4003 15 Oct 20 peter 32
4003 15 Oct 20 peter 33 namespace theplu {
4003 15 Oct 20 peter 34 namespace yat {
4003 15 Oct 20 peter 35 namespace utility {
4003 15 Oct 20 peter 36
4003 15 Oct 20 peter 37 int8_t cigar_table(unsigned char c)
4003 15 Oct 20 peter 38 {
4003 15 Oct 20 peter 39 #ifdef HAVE_BAM_CIGAR_TABLE
4003 15 Oct 20 peter 40   int8_t x = bam_cigar_table[c];
4003 15 Oct 20 peter 41 #else
4003 15 Oct 20 peter 42   // taken from sam.c in htslib 1.11
4003 15 Oct 20 peter 43   int8_t table[256] = {
4003 15 Oct 20 peter 44     // 0 .. 47
4003 15 Oct 20 peter 45     -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,
4003 15 Oct 20 peter 46     -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,
4003 15 Oct 20 peter 47     -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,
4003 15 Oct 20 peter 48
4003 15 Oct 20 peter 49     // 48 .. 63  (including =)
4003 15 Oct 20 peter 50     -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,  -1, BAM_CEQUAL, -1, -1,
4003 15 Oct 20 peter 51
4003 15 Oct 20 peter 52     // 64 .. 79  (including MIDNHB)
4003 15 Oct 20 peter 53     -1, -1, BAM_CBACK, -1,  BAM_CDEL, -1, -1, -1,
4003 15 Oct 20 peter 54         BAM_CHARD_CLIP, BAM_CINS, -1, -1,  -1, BAM_CMATCH, BAM_CREF_SKIP, -1,
4003 15 Oct 20 peter 55
4003 15 Oct 20 peter 56     // 80 .. 95  (including SPX)
4003 15 Oct 20 peter 57     BAM_CPAD, -1, -1, BAM_CSOFT_CLIP,  -1, -1, -1, -1,
4003 15 Oct 20 peter 58         BAM_CDIFF, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,
4003 15 Oct 20 peter 59
4003 15 Oct 20 peter 60     // 96 .. 127
4003 15 Oct 20 peter 61     -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,
4003 15 Oct 20 peter 62     -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,
4003 15 Oct 20 peter 63
4003 15 Oct 20 peter 64     // 128 .. 255
4003 15 Oct 20 peter 65     -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,
4003 15 Oct 20 peter 66     -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,
4003 15 Oct 20 peter 67     -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,
4003 15 Oct 20 peter 68     -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,
4003 15 Oct 20 peter 69     -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,
4003 15 Oct 20 peter 70     -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,
4003 15 Oct 20 peter 71     -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,
4003 15 Oct 20 peter 72     -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1,  -1, -1, -1, -1
4003 15 Oct 20 peter 73   };
4003 15 Oct 20 peter 74   int8_t x = table[c];
4003 15 Oct 20 peter 75
4003 15 Oct 20 peter 76 #endif
4003 15 Oct 20 peter 77   if (x == -1) {
4003 15 Oct 20 peter 78     std::ostringstream os;
4003 15 Oct 20 peter 79     os << "cigar_table: invalid argument: " << c;
4003 15 Oct 20 peter 80     throw invalid_argument(os.str());
4003 15 Oct 20 peter 81   }
4003 15 Oct 20 peter 82   return x;
4003 15 Oct 20 peter 83 }
4003 15 Oct 20 peter 84
4003 15 Oct 20 peter 85 }}}

Generated on Sat Oct 14 02:24:30 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)