yat/utility/NNI.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
145 05 Sep 04 jari 1 // $Id$
145 05 Sep 04 jari 2
570 05 Apr 06 jari 3 /*
2119 12 Dec 09 peter 4   Copyright (C) 2004 Jari Häkkinen
570 05 Apr 06 jari 5   Copyright (C) 2005 Peter Johansson
2119 12 Dec 09 peter 6   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen
4359 23 Aug 23 peter 7   Copyright (C) 2007 Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 8   Copyright (C) 2008 Jari Häkkinen, Peter Johansson
4207 26 Aug 22 peter 9   Copyright (C) 2012, 2022 Peter Johansson
570 05 Apr 06 jari 10
1437 25 Aug 08 peter 11   This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
570 05 Apr 06 jari 12
675 10 Oct 06 jari 13   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
675 10 Oct 06 jari 14   modify it under the terms of the GNU General Public License as
1486 09 Sep 08 jari 15   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
675 10 Oct 06 jari 16   License, or (at your option) any later version.
570 05 Apr 06 jari 17
675 10 Oct 06 jari 18   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
675 10 Oct 06 jari 19   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
675 10 Oct 06 jari 20   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
570 05 Apr 06 jari 21   General Public License for more details.
570 05 Apr 06 jari 22
570 05 Apr 06 jari 23   You should have received a copy of the GNU General Public License
1487 10 Sep 08 jari 24   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
570 05 Apr 06 jari 25 */
570 05 Apr 06 jari 26
2881 18 Nov 12 peter 27 #include <config.h>
2881 18 Nov 12 peter 28
680 11 Oct 06 jari 29 #include "NNI.h"
680 11 Oct 06 jari 30 #include "stl_utility.h"
295 29 Apr 05 peter 31
145 05 Sep 04 jari 32 #include <algorithm>
145 05 Sep 04 jari 33 #include <cmath>
145 05 Sep 04 jari 34 #include <fstream>
145 05 Sep 04 jari 35
145 05 Sep 04 jari 36 namespace theplu {
680 11 Oct 06 jari 37 namespace yat {
301 30 Apr 05 peter 38 namespace utility {
145 05 Sep 04 jari 39
177 01 Oct 04 jari 40   // For a discussion and motivation for various algorithm
177 01 Oct 04 jari 41   // implementations here see the paper cited in the class definition
177 01 Oct 04 jari 42   // documentation.
4125 14 Jan 22 peter 43   NNI::NNI(const MatrixBase& matrix, const MatrixBase& weight,
1271 09 Apr 08 peter 44            const unsigned int neighbours)
172 28 Sep 04 jari 45     : data_(matrix), imputed_data_(matrix), neighbours_(neighbours),
172 28 Sep 04 jari 46       weight_(weight)
145 05 Sep 04 jari 47   {
145 05 Sep 04 jari 48   }
145 05 Sep 04 jari 49
145 05 Sep 04 jari 50
177 01 Oct 04 jari 51   // d_{ij}^2=\frac {\sum_{k=1,C} w_{ik} w_{jk} (x_{ik}-x_{jk})^2 }
177 01 Oct 04 jari 52   //                {\sum_{k=l,C} w_{ik} w_{jk} }
177 01 Oct 04 jari 53   // where C is the number of columns
1271 09 Apr 08 peter 54   std::vector<std::pair<size_t,double> >
1271 09 Apr 08 peter 55   NNI::calculate_distances(const size_t row) const
145 05 Sep 04 jari 56   {
1271 09 Apr 08 peter 57     std::vector<std::pair<size_t,double> > distance;
173 28 Sep 04 jari 58     for (size_t i=0; i<data_.rows(); i++)
145 05 Sep 04 jari 59       if (i!=row) {
145 05 Sep 04 jari 60         double contribs=0;
1271 09 Apr 08 peter 61         std::pair<size_t,double> this_distance(i,0.0);
173 28 Sep 04 jari 62         for (size_t j=0; j<data_.columns(); j++)
145 05 Sep 04 jari 63           // 0 contribution for missing values
145 05 Sep 04 jari 64           if (weight_(i,j) && weight_(row,j)) {
145 05 Sep 04 jari 65             double weight_factor=weight_(i,j)*weight_(row,j);
145 05 Sep 04 jari 66             this_distance.second+=( weight_factor *
145 05 Sep 04 jari 67                                     (data_(i,j)-data_(row,j)) *
145 05 Sep 04 jari 68                                     (data_(i,j)-data_(row,j)) );
145 05 Sep 04 jari 69             contribs+=weight_factor;
145 05 Sep 04 jari 70           }
145 05 Sep 04 jari 71         if (contribs) {  // ignore lines without any contributions
145 05 Sep 04 jari 72           this_distance.second=sqrt(this_distance.second/contribs);
145 05 Sep 04 jari 73           distance.push_back(this_distance);
145 05 Sep 04 jari 74         }
145 05 Sep 04 jari 75       }
145 05 Sep 04 jari 76     return distance;
145 05 Sep 04 jari 77   }
145 05 Sep 04 jari 78
145 05 Sep 04 jari 79
1121 22 Feb 08 peter 80   const utility::Matrix& NNI::imputed_data(void) const
718 26 Dec 06 jari 81   {
718 26 Dec 06 jari 82     return imputed_data_;
718 26 Dec 06 jari 83   }
145 05 Sep 04 jari 84
718 26 Dec 06 jari 85
718 26 Dec 06 jari 86   const std::vector<size_t>& NNI::not_imputed(void) const
718 26 Dec 06 jari 87   {
718 26 Dec 06 jari 88     return not_imputed_;
718 26 Dec 06 jari 89   }
718 26 Dec 06 jari 90
718 26 Dec 06 jari 91
177 01 Oct 04 jari 92   // Contributing nearest neighbours are added up to the user set
177 01 Oct 04 jari 93   // number, and neighbours are disqualified if their element (column)
177 01 Oct 04 jari 94   // weight is zero
4200 19 Aug 22 peter 95   std::vector<size_t>
1271 09 Apr 08 peter 96   NNI::nearest_neighbours(const size_t column,
1271 09 Apr 08 peter 97                           const std::vector<std::pair<size_t,double> >& d) const
145 05 Sep 04 jari 98   {
1271 09 Apr 08 peter 99     std::vector<size_t> index;
145 05 Sep 04 jari 100     double contribs=0;
1271 09 Apr 08 peter 101     for (size_t i=0; ((i<d.size()) &&
145 05 Sep 04 jari 102                      (contribs+=weight_(d[i].first,column))<=neighbours_); i++)
145 05 Sep 04 jari 103       if (weight_(d[i].first,column))
145 05 Sep 04 jari 104         index.push_back(i);
145 05 Sep 04 jari 105     return index;
145 05 Sep 04 jari 106   }
145 05 Sep 04 jari 107
687 16 Oct 06 jari 108 }}} // of namespace utility, yat, and theplu

Generated on Sat Oct 14 02:24:57 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)