yat/utility/mAligner.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4340 16 Apr 23 peter 1 // $Id$
4340 16 Apr 23 peter 2
4340 16 Apr 23 peter 3 /*
4340 16 Apr 23 peter 4   Copyright (C) 2023 Peter Johansson
4340 16 Apr 23 peter 5
4340 16 Apr 23 peter 6   This file is part of the yat library, https://dev.thep.lu.se/yat
4340 16 Apr 23 peter 7
4340 16 Apr 23 peter 8   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
4340 16 Apr 23 peter 9   modify it under the terms of the GNU General Public License as
4340 16 Apr 23 peter 10   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
4340 16 Apr 23 peter 11   License, or (at your option) any later version.
4340 16 Apr 23 peter 12
4340 16 Apr 23 peter 13   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
4340 16 Apr 23 peter 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4340 16 Apr 23 peter 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
4340 16 Apr 23 peter 16   General Public License for more details.
4340 16 Apr 23 peter 17
4340 16 Apr 23 peter 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
4340 16 Apr 23 peter 19   along with yat. If not, see <https://www.gnu.org/licenses/>.
4340 16 Apr 23 peter 20 */
4340 16 Apr 23 peter 21
4340 16 Apr 23 peter 22 #include <config.h>
4340 16 Apr 23 peter 23
4340 16 Apr 23 peter 24 #include "mAligner.h"
4340 16 Apr 23 peter 25
4340 16 Apr 23 peter 26 namespace theplu {
4340 16 Apr 23 peter 27 namespace yat {
4340 16 Apr 23 peter 28 namespace utility {
4340 16 Apr 23 peter 29
4353 23 Aug 23 peter 30 namespace maligner {
4353 23 Aug 23 peter 31
4353 23 Aug 23 peter 32   Affine::Affine(double pen, double open)
4353 23 Aug 23 peter 33     : pen_(pen), open_(open)
4340 16 Apr 23 peter 34   {}
4340 16 Apr 23 peter 35
4340 16 Apr 23 peter 36
4353 23 Aug 23 peter 37   double Affine::operator()(size_t k) const
4340 16 Apr 23 peter 38   {
4353 23 Aug 23 peter 39     return k ? open_ + k*pen_ : 0;
4340 16 Apr 23 peter 40   }
4340 16 Apr 23 peter 41
4340 16 Apr 23 peter 42
4353 23 Aug 23 peter 43   double Affine::penalty(void) const
4340 16 Apr 23 peter 44   {
4353 23 Aug 23 peter 45     return pen_;
4340 16 Apr 23 peter 46   }
4340 16 Apr 23 peter 47
4340 16 Apr 23 peter 48
4353 23 Aug 23 peter 49   double Affine::open_penalty(void) const
4340 16 Apr 23 peter 50   {
4353 23 Aug 23 peter 51     return open_;
4340 16 Apr 23 peter 52   }
4340 16 Apr 23 peter 53
4340 16 Apr 23 peter 54
4353 23 Aug 23 peter 55   Alignment::Alignment(void)
4353 23 Aug 23 peter 56     : position_(0), score_(-std::numeric_limits<double>::infinity())
4353 23 Aug 23 peter 57   {}
4353 23 Aug 23 peter 58
4353 23 Aug 23 peter 59
4353 23 Aug 23 peter 60   Aligner::Cigar& Alignment::cigar(void)
4340 16 Apr 23 peter 61   {
4353 23 Aug 23 peter 62     return cigar_;
4340 16 Apr 23 peter 63   }
4340 16 Apr 23 peter 64
4340 16 Apr 23 peter 65
4353 23 Aug 23 peter 66   const Aligner::Cigar& Alignment::cigar(void) const
4353 23 Aug 23 peter 67   {
4353 23 Aug 23 peter 68     return cigar_;
4353 23 Aug 23 peter 69   }
4340 16 Apr 23 peter 70
4340 16 Apr 23 peter 71
4353 23 Aug 23 peter 72   size_t& Alignment::position(void)
4353 23 Aug 23 peter 73   {
4353 23 Aug 23 peter 74     return position_;
4353 23 Aug 23 peter 75   }
4340 16 Apr 23 peter 76
4353 23 Aug 23 peter 77
4353 23 Aug 23 peter 78   const size_t& Alignment::position(void) const
4340 16 Apr 23 peter 79   {
4353 23 Aug 23 peter 80     return position_;
4340 16 Apr 23 peter 81   }
4340 16 Apr 23 peter 82
4340 16 Apr 23 peter 83
4353 23 Aug 23 peter 84   double& Alignment::score(void)
4340 16 Apr 23 peter 85   {
4353 23 Aug 23 peter 86     return score_;
4340 16 Apr 23 peter 87   }
4340 16 Apr 23 peter 88
4340 16 Apr 23 peter 89
4353 23 Aug 23 peter 90   const double& Alignment::score(void) const
4340 16 Apr 23 peter 91   {
4353 23 Aug 23 peter 92     return score_;
4340 16 Apr 23 peter 93   }
4340 16 Apr 23 peter 94
4340 16 Apr 23 peter 95
4353 23 Aug 23 peter 96   bool Alignment::operator<(const Alignment& other) const
4340 16 Apr 23 peter 97   {
4353 23 Aug 23 peter 98     return score_ < other.score_;
4340 16 Apr 23 peter 99   }
4340 16 Apr 23 peter 100
4340 16 Apr 23 peter 101
4353 23 Aug 23 peter 102   // MatchKernel
4353 23 Aug 23 peter 103   MatchKernel::MatchKernel(int mismatch_pen)
4353 23 Aug 23 peter 104     : mismatch_(mismatch_pen)
4340 16 Apr 23 peter 105   {}
4340 16 Apr 23 peter 106
4340 16 Apr 23 peter 107
4353 23 Aug 23 peter 108   // Affine class
4340 16 Apr 23 peter 109
4353 23 Aug 23 peter 110 }}}}

Generated on Sat Oct 14 02:25:46 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)