yat/utility/mAlignerBase.cc

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4353 23 Aug 23 peter 1 // $Id$
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4353 23 Aug 23 peter 3 /*
4353 23 Aug 23 peter 4   Copyright (C) 2023 Peter Johansson
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4353 23 Aug 23 peter 6   This file is part of the yat library, https://dev.thep.lu.se/yat
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4353 23 Aug 23 peter 8   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
4353 23 Aug 23 peter 9   modify it under the terms of the GNU General Public License as
4353 23 Aug 23 peter 10   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
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4353 23 Aug 23 peter 13   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
4353 23 Aug 23 peter 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4353 23 Aug 23 peter 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
4353 23 Aug 23 peter 16   General Public License for more details.
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4353 23 Aug 23 peter 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
4353 23 Aug 23 peter 19   along with yat. If not, see <https://www.gnu.org/licenses/>.
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4353 23 Aug 23 peter 22 #include <config.h>
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4353 23 Aug 23 peter 24 #include "mAlignerBase.h"
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4353 23 Aug 23 peter 26 #include "Aligner.h"
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4353 23 Aug 23 peter 28 namespace theplu {
4353 23 Aug 23 peter 29 namespace yat {
4353 23 Aug 23 peter 30 namespace utility {
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4353 23 Aug 23 peter 32   mAlignerBase::mAlignerBase(const Affine& insertion, const Affine& deletion)
4353 23 Aug 23 peter 33     : insertion_(insertion), deletion_(deletion)
4353 23 Aug 23 peter 34   {}
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4353 23 Aug 23 peter 36
4353 23 Aug 23 peter 37   const mAlignerBase::Cigar& mAlignerBase::cigar(void) const
4353 23 Aug 23 peter 38   {
4353 23 Aug 23 peter 39     return best_.cigar();
4353 23 Aug 23 peter 40   }
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4353 23 Aug 23 peter 42
4353 23 Aug 23 peter 43   const mAlignerBase::Cigar& mAlignerBase::cigar2(void) const
4353 23 Aug 23 peter 44   {
4353 23 Aug 23 peter 45     return cigar2_;
4353 23 Aug 23 peter 46   }
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4353 23 Aug 23 peter 48
4353 23 Aug 23 peter 49   size_t mAlignerBase::position(void) const
4353 23 Aug 23 peter 50   {
4353 23 Aug 23 peter 51     return best_.position();
4353 23 Aug 23 peter 52   }
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4353 23 Aug 23 peter 54
4353 23 Aug 23 peter 55   double mAlignerBase::score(void) const
4353 23 Aug 23 peter 56   {
4353 23 Aug 23 peter 57     return best_.score();
4353 23 Aug 23 peter 58   }
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4353 23 Aug 23 peter 60
4353 23 Aug 23 peter 61   mAlignerBase::Affine::Affine(double pen, double open)
4353 23 Aug 23 peter 62     : pen_(pen), open_(open)
4353 23 Aug 23 peter 63   {}
4353 23 Aug 23 peter 64
4353 23 Aug 23 peter 65
4353 23 Aug 23 peter 66   double mAlignerBase::Affine::operator()(size_t k) const
4353 23 Aug 23 peter 67   {
4353 23 Aug 23 peter 68     return k ? open_ + k*pen_ : 0;
4353 23 Aug 23 peter 69   }
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4353 23 Aug 23 peter 71
4353 23 Aug 23 peter 72   double mAlignerBase::Affine::penalty(void) const
4353 23 Aug 23 peter 73   {
4353 23 Aug 23 peter 74     return pen_;
4353 23 Aug 23 peter 75   }
4353 23 Aug 23 peter 76
4353 23 Aug 23 peter 77
4353 23 Aug 23 peter 78   double mAlignerBase::Affine::open_penalty(void) const
4353 23 Aug 23 peter 79   {
4353 23 Aug 23 peter 80     return open_;
4353 23 Aug 23 peter 81   }
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4353 23 Aug 23 peter 83
4353 23 Aug 23 peter 84   mAlignerBase::Alignment::Alignment(void)
4353 23 Aug 23 peter 85     : position_(0), score_(-std::numeric_limits<double>::infinity())
4353 23 Aug 23 peter 86   {}
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4353 23 Aug 23 peter 89   Aligner::Cigar& mAlignerBase::Alignment::cigar(void)
4353 23 Aug 23 peter 90   {
4353 23 Aug 23 peter 91     return cigar_;
4353 23 Aug 23 peter 92   }
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4353 23 Aug 23 peter 94
4353 23 Aug 23 peter 95   const Aligner::Cigar& mAlignerBase::Alignment::cigar(void) const
4353 23 Aug 23 peter 96   {
4353 23 Aug 23 peter 97     return cigar_;
4353 23 Aug 23 peter 98   }
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4353 23 Aug 23 peter 100
4353 23 Aug 23 peter 101   size_t& mAlignerBase::Alignment::position(void)
4353 23 Aug 23 peter 102   {
4353 23 Aug 23 peter 103     return position_;
4353 23 Aug 23 peter 104   }
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4353 23 Aug 23 peter 106
4353 23 Aug 23 peter 107   const size_t& mAlignerBase::Alignment::position(void) const
4353 23 Aug 23 peter 108   {
4353 23 Aug 23 peter 109     return position_;
4353 23 Aug 23 peter 110   }
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4353 23 Aug 23 peter 112
4353 23 Aug 23 peter 113   double& mAlignerBase::Alignment::score(void)
4353 23 Aug 23 peter 114   {
4353 23 Aug 23 peter 115     return score_;
4353 23 Aug 23 peter 116   }
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4353 23 Aug 23 peter 118
4353 23 Aug 23 peter 119   const double& mAlignerBase::Alignment::score(void) const
4353 23 Aug 23 peter 120   {
4353 23 Aug 23 peter 121     return score_;
4353 23 Aug 23 peter 122   }
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4353 23 Aug 23 peter 124
4353 23 Aug 23 peter 125   bool
4353 23 Aug 23 peter 126   mAlignerBase::Alignment::operator<(const mAlignerBase::Alignment& other) const
4353 23 Aug 23 peter 127   {
4353 23 Aug 23 peter 128     return score_ < other.score_;
4353 23 Aug 23 peter 129   }
4353 23 Aug 23 peter 130
4353 23 Aug 23 peter 131
4353 23 Aug 23 peter 132   // MatchKernel
4353 23 Aug 23 peter 133   mAlignerBase::MatchKernel::MatchKernel(double mismatch_pen)
4353 23 Aug 23 peter 134     : mismatch_(mismatch_pen)
4353 23 Aug 23 peter 135   {}
4353 23 Aug 23 peter 136
4353 23 Aug 23 peter 137 }}}

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