yat/utility/mNeedlemanWunsch.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4340 16 Apr 23 peter 1 // $Id$
4340 16 Apr 23 peter 2
4340 16 Apr 23 peter 3 /*
4340 16 Apr 23 peter 4   Copyright (C) 2023 Peter Johansson
4340 16 Apr 23 peter 5
4340 16 Apr 23 peter 6   This file is part of the yat library, https://dev.thep.lu.se/yat
4340 16 Apr 23 peter 7
4340 16 Apr 23 peter 8   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
4340 16 Apr 23 peter 9   modify it under the terms of the GNU General Public License as
4340 16 Apr 23 peter 10   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
4340 16 Apr 23 peter 11   License, or (at your option) any later version.
4340 16 Apr 23 peter 12
4340 16 Apr 23 peter 13   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
4340 16 Apr 23 peter 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4340 16 Apr 23 peter 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
4340 16 Apr 23 peter 16   General Public License for more details.
4340 16 Apr 23 peter 17
4340 16 Apr 23 peter 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
4340 16 Apr 23 peter 19   along with yat. If not, see <https://www.gnu.org/licenses/>.
4340 16 Apr 23 peter 20 */
4340 16 Apr 23 peter 21
4340 16 Apr 23 peter 22 #include <config.h>
4340 16 Apr 23 peter 23
4340 16 Apr 23 peter 24 #include "mNeedlemanWunsch.h"
4340 16 Apr 23 peter 25
4340 16 Apr 23 peter 26 namespace theplu {
4340 16 Apr 23 peter 27 namespace yat {
4340 16 Apr 23 peter 28 namespace utility {
4340 16 Apr 23 peter 29
4340 16 Apr 23 peter 30   mNeedlemanWunsch::mNeedlemanWunsch(double gap, double open_gap)
4340 16 Apr 23 peter 31     : mNeedlemanWunsch(gap, open_gap, gap, open_gap)
4340 16 Apr 23 peter 32   {}
4340 16 Apr 23 peter 33
4340 16 Apr 23 peter 34
4340 16 Apr 23 peter 35   mNeedlemanWunsch::mNeedlemanWunsch(double insertion_penalty,
4340 16 Apr 23 peter 36                                      double open_insertion_penalty,
4340 16 Apr 23 peter 37                                      double deletion_penalty,
4340 16 Apr 23 peter 38                                      double open_deletion_penalty)
4353 23 Aug 23 peter 39     : mAligner<mNeedlemanWunsch>(Affine(insertion_penalty,
4353 23 Aug 23 peter 40                                         open_insertion_penalty),
4353 23 Aug 23 peter 41                                  Affine(deletion_penalty,
4353 23 Aug 23 peter 42                                         open_deletion_penalty))
4340 16 Apr 23 peter 43   {}
4340 16 Apr 23 peter 44
4340 16 Apr 23 peter 45
4353 23 Aug 23 peter 46   double mNeedlemanWunsch::init_row(size_t q) const
4340 16 Apr 23 peter 47   {
4353 23 Aug 23 peter 48     return -deletion_(q);
4340 16 Apr 23 peter 49   }
4340 16 Apr 23 peter 50
4340 16 Apr 23 peter 51
4353 23 Aug 23 peter 52   double mNeedlemanWunsch::init_col(size_t r) const
4340 16 Apr 23 peter 53   {
4353 23 Aug 23 peter 54     return -insertion_(r);
4340 16 Apr 23 peter 55   }
4340 16 Apr 23 peter 56
4340 16 Apr 23 peter 57
4353 23 Aug 23 peter 58   double mNeedlemanWunsch::init(size_t r, size_t q) const
4340 16 Apr 23 peter 59   {
4353 23 Aug 23 peter 60     return -std::numeric_limits<double>::infinity();
4340 16 Apr 23 peter 61   }
4340 16 Apr 23 peter 62
4340 16 Apr 23 peter 63
4353 23 Aug 23 peter 64   void mNeedlemanWunsch::update(const std::vector<Alignment>& alignments,
4353 23 Aug 23 peter 65                                 size_t r, size_t rsize)
4340 16 Apr 23 peter 66   {
4353 23 Aug 23 peter 67     if (r+1 == rsize)
4353 23 Aug 23 peter 68       best_ = alignments.back();
4340 16 Apr 23 peter 69   }
4340 16 Apr 23 peter 70
4340 16 Apr 23 peter 71 }}}

Generated on Sat Oct 14 02:25:48 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)