yat/utility/mSemiLocalAligner.h

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4340 16 Apr 23 peter 1 #ifndef _theplu_yat_utility_msemi_local_aligner_
4340 16 Apr 23 peter 2 #define _theplu_yat_utility_msemi_local_aligner_
4340 16 Apr 23 peter 3 // $Id$
4340 16 Apr 23 peter 4
4346 24 Apr 23 peter 5 /*
4346 24 Apr 23 peter 6   Copyright (C) 2023 Peter Johansson
4346 24 Apr 23 peter 7
4346 24 Apr 23 peter 8   This file is part of the yat library, https://dev.thep.lu.se/yat
4346 24 Apr 23 peter 9
4346 24 Apr 23 peter 10   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
4346 24 Apr 23 peter 11   modify it under the terms of the GNU General Public License as
4346 24 Apr 23 peter 12   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
4346 24 Apr 23 peter 13   License, or (at your option) any later version.
4346 24 Apr 23 peter 14
4346 24 Apr 23 peter 15   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
4346 24 Apr 23 peter 16   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4346 24 Apr 23 peter 17   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
4346 24 Apr 23 peter 18   General Public License for more details.
4346 24 Apr 23 peter 19
4346 24 Apr 23 peter 20   You should have received a copy of the GNU General Public License
4346 24 Apr 23 peter 21   along with yat. If not, see <https://www.gnu.org/licenses/>.
4346 24 Apr 23 peter 22 */
4346 24 Apr 23 peter 23
4340 16 Apr 23 peter 24 #include "mAligner.h"
4340 16 Apr 23 peter 25
4340 16 Apr 23 peter 26 namespace theplu {
4340 16 Apr 23 peter 27 namespace yat {
4340 16 Apr 23 peter 28 namespace utility {
4340 16 Apr 23 peter 29
4344 17 Apr 23 peter 30   /**
4344 17 Apr 23 peter 31      \since New in yat 0.21
4344 17 Apr 23 peter 32    */
4353 23 Aug 23 peter 33   class mSemiLocalAligner : public mAligner<mSemiLocalAligner>
4340 16 Apr 23 peter 34   {
4340 16 Apr 23 peter 35   public:
4344 17 Apr 23 peter 36     /**
4344 17 Apr 23 peter 37        Equivalent with
4344 17 Apr 23 peter 38        mSemiLocalAligner(gap, open_gap, gap, open_gap,
4344 17 Apr 23 peter 39                          gap, open_gap, gap, open_gap)
4344 17 Apr 23 peter 40      */
4340 16 Apr 23 peter 41     mSemiLocalAligner(double gap, double open_gap);
4344 17 Apr 23 peter 42
4344 17 Apr 23 peter 43     /**
4344 17 Apr 23 peter 44        \param insertion_penalty penalty extending an insertion one element
4344 17 Apr 23 peter 45
4344 17 Apr 23 peter 46        \param open_insertion_penalty total penalty for an n-element
4344 17 Apr 23 peter 47        insertion is \a open_insertion_penalty + \c n * \a
4344 17 Apr 23 peter 48        insertion_penalty
4344 17 Apr 23 peter 49
4344 17 Apr 23 peter 50        \param deletion_penalty penalty extending a deletion one element
4344 17 Apr 23 peter 51
4344 17 Apr 23 peter 52        \param open_deletion_penalty total penalty for an n-element
4344 17 Apr 23 peter 53        deletion is \a open_deletion_penalty + \c n * \a
4344 17 Apr 23 peter 54        deletion_penalty
4344 17 Apr 23 peter 55      */
4340 16 Apr 23 peter 56     mSemiLocalAligner(double insertion_penalty,
4340 16 Apr 23 peter 57                       double open_insertion_penalty,
4340 16 Apr 23 peter 58                       double deletion_penalty,
4353 23 Aug 23 peter 59                       double open_deletion_penalty);
4340 16 Apr 23 peter 60
4340 16 Apr 23 peter 61
4353 23 Aug 23 peter 62   private:
4353 23 Aug 23 peter 63     friend class mAligner;
4353 23 Aug 23 peter 64     double init_row(size_t q) const;
4353 23 Aug 23 peter 65     double init_col(size_t r) const;
4353 23 Aug 23 peter 66     double init(size_t r, size_t q) const;
4353 23 Aug 23 peter 67     void update(const std::vector<Alignment>& alignments,size_t r,
4353 23 Aug 23 peter 68                 size_t rsize);
4353 23 Aug 23 peter 69   };
4344 17 Apr 23 peter 70
4344 17 Apr 23 peter 71
4344 17 Apr 23 peter 72
4340 16 Apr 23 peter 73
4340 16 Apr 23 peter 74 }}}
4340 16 Apr 23 peter 75 #endif

Generated on Sat Oct 14 02:25:49 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)