yat/utility/mSmithWaterman.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4340 16 Apr 23 peter 1 // $Id$
4340 16 Apr 23 peter 2
4340 16 Apr 23 peter 3 /*
4340 16 Apr 23 peter 4   Copyright (C) 2023 Peter Johansson
4340 16 Apr 23 peter 5
4340 16 Apr 23 peter 6   This file is part of the yat library, https://dev.thep.lu.se/yat
4340 16 Apr 23 peter 7
4340 16 Apr 23 peter 8   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
4340 16 Apr 23 peter 9   modify it under the terms of the GNU General Public License as
4340 16 Apr 23 peter 10   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
4340 16 Apr 23 peter 11   License, or (at your option) any later version.
4340 16 Apr 23 peter 12
4340 16 Apr 23 peter 13   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
4340 16 Apr 23 peter 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4340 16 Apr 23 peter 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
4340 16 Apr 23 peter 16   General Public License for more details.
4340 16 Apr 23 peter 17
4340 16 Apr 23 peter 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
4340 16 Apr 23 peter 19   along with yat. If not, see <https://www.gnu.org/licenses/>.
4340 16 Apr 23 peter 20 */
4340 16 Apr 23 peter 21
4340 16 Apr 23 peter 22 #include <config.h>
4340 16 Apr 23 peter 23
4340 16 Apr 23 peter 24 #include "mSmithWaterman.h"
4340 16 Apr 23 peter 25
4353 23 Aug 23 peter 26 #include <cassert>
4353 23 Aug 23 peter 27
4340 16 Apr 23 peter 28 namespace theplu {
4340 16 Apr 23 peter 29 namespace yat {
4340 16 Apr 23 peter 30 namespace utility {
4340 16 Apr 23 peter 31
4340 16 Apr 23 peter 32   mSmithWaterman::mSmithWaterman(double gap, double open_gap)
4340 16 Apr 23 peter 33     : mSmithWaterman(gap, open_gap, gap, open_gap)
4340 16 Apr 23 peter 34   {}
4340 16 Apr 23 peter 35
4340 16 Apr 23 peter 36
4340 16 Apr 23 peter 37   mSmithWaterman::mSmithWaterman(double insertion_penalty,
4340 16 Apr 23 peter 38                                  double open_insertion_penalty,
4340 16 Apr 23 peter 39                                  double deletion_penalty,
4340 16 Apr 23 peter 40                                  double open_deletion_penalty)
4353 23 Aug 23 peter 41     : mAligner<mSmithWaterman>(Affine(insertion_penalty,
4353 23 Aug 23 peter 42                                       open_insertion_penalty),
4353 23 Aug 23 peter 43                                Affine(deletion_penalty,
4353 23 Aug 23 peter 44                                       open_deletion_penalty))
4340 16 Apr 23 peter 45   {}
4340 16 Apr 23 peter 46
4340 16 Apr 23 peter 47
4353 23 Aug 23 peter 48   double mSmithWaterman::init_row(size_t q) const
4340 16 Apr 23 peter 49   {
4353 23 Aug 23 peter 50     return 0;
4340 16 Apr 23 peter 51   }
4340 16 Apr 23 peter 52
4340 16 Apr 23 peter 53
4353 23 Aug 23 peter 54   double mSmithWaterman::init_col(size_t r) const
4340 16 Apr 23 peter 55   {
4353 23 Aug 23 peter 56     return 0;
4340 16 Apr 23 peter 57   }
4340 16 Apr 23 peter 58
4340 16 Apr 23 peter 59
4353 23 Aug 23 peter 60   double mSmithWaterman::init(size_t r, size_t q) const
4340 16 Apr 23 peter 61   {
4353 23 Aug 23 peter 62     return 0;
4340 16 Apr 23 peter 63   }
4340 16 Apr 23 peter 64
4340 16 Apr 23 peter 65
4353 23 Aug 23 peter 66   void mSmithWaterman::update(const std::vector<Alignment>& alignments,
4353 23 Aug 23 peter 67                               size_t r, size_t rsize)
4340 16 Apr 23 peter 68   {
4353 23 Aug 23 peter 69     auto best = std::max_element(alignments.begin(), alignments.end());
4353 23 Aug 23 peter 70
4353 23 Aug 23 peter 71     if (best_ < *best) {
4353 23 Aug 23 peter 72       best_ = *best;
4353 23 Aug 23 peter 73       best_.cigar().push_back(BAM_CSOFT_CLIP, (alignments.end() - best) - 1);
4353 23 Aug 23 peter 74     }
4340 16 Apr 23 peter 75   }
4340 16 Apr 23 peter 76
4340 16 Apr 23 peter 77 }}}

Generated on Sat Oct 14 02:25:50 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)