yat/utility/mSmithWaterman.h

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4340 16 Apr 23 peter 1 #ifndef _theplu_yat_utility_msmith_waterman
4340 16 Apr 23 peter 2 #define _theplu_yat_utility_msmith_waterman
4346 24 Apr 23 peter 3
4340 16 Apr 23 peter 4 // $Id$
4340 16 Apr 23 peter 5
4346 24 Apr 23 peter 6 /*
4346 24 Apr 23 peter 7   Copyright (C) 2023 Peter Johansson
4346 24 Apr 23 peter 8
4346 24 Apr 23 peter 9   This file is part of the yat library, https://dev.thep.lu.se/yat
4346 24 Apr 23 peter 10
4346 24 Apr 23 peter 11   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
4346 24 Apr 23 peter 12   modify it under the terms of the GNU General Public License as
4346 24 Apr 23 peter 13   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
4346 24 Apr 23 peter 14   License, or (at your option) any later version.
4346 24 Apr 23 peter 15
4346 24 Apr 23 peter 16   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
4346 24 Apr 23 peter 17   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4346 24 Apr 23 peter 18   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
4346 24 Apr 23 peter 19   General Public License for more details.
4346 24 Apr 23 peter 20
4346 24 Apr 23 peter 21   You should have received a copy of the GNU General Public License
4346 24 Apr 23 peter 22   along with yat. If not, see <https://www.gnu.org/licenses/>.
4346 24 Apr 23 peter 23 */
4346 24 Apr 23 peter 24
4340 16 Apr 23 peter 25 #include "mAligner.h"
4340 16 Apr 23 peter 26
4340 16 Apr 23 peter 27 namespace theplu {
4340 16 Apr 23 peter 28 namespace yat {
4340 16 Apr 23 peter 29 namespace utility {
4340 16 Apr 23 peter 30
4344 17 Apr 23 peter 31   /**
4344 17 Apr 23 peter 32      \since New in yat 0.21
4344 17 Apr 23 peter 33    */
4353 23 Aug 23 peter 34   class mSmithWaterman : public mAligner<mSmithWaterman>
4340 16 Apr 23 peter 35   {
4340 16 Apr 23 peter 36   public:
4344 17 Apr 23 peter 37     /**
4344 17 Apr 23 peter 38        Equivalent with mSmithWaterman(gap, open_gap, gap, open_gap)
4344 17 Apr 23 peter 39      */
4340 16 Apr 23 peter 40     mSmithWaterman(double gap, double open_gap);
4340 16 Apr 23 peter 41
4344 17 Apr 23 peter 42     /**
4344 17 Apr 23 peter 43        \param insertion_penalty penalty extending an insertion one element
4344 17 Apr 23 peter 44
4344 17 Apr 23 peter 45        \param open_insertion_penalty total penalty for an n-element
4344 17 Apr 23 peter 46        insertion is \a open_insertion_penalty + \c n * \a
4344 17 Apr 23 peter 47        insertion_penalty
4344 17 Apr 23 peter 48
4344 17 Apr 23 peter 49        \param deletion_penalty penalty extending an deletion one element
4344 17 Apr 23 peter 50
4344 17 Apr 23 peter 51        \param open_deletion_penalty total penalty for an n-element
4344 17 Apr 23 peter 52        deletion is \a open_deletion_penalty + \c n * \a
4344 17 Apr 23 peter 53        deletion_penalty
4344 17 Apr 23 peter 54      */
4340 16 Apr 23 peter 55     mSmithWaterman(double insertion_penalty,
4340 16 Apr 23 peter 56                    double open_insertion_penalty,
4340 16 Apr 23 peter 57                    double deletion_penalty,
4340 16 Apr 23 peter 58                    double open_deletion_penalty);
4340 16 Apr 23 peter 59
4340 16 Apr 23 peter 60   private:
4353 23 Aug 23 peter 61     friend class mAligner;
4353 23 Aug 23 peter 62     double init_row(size_t q) const;
4353 23 Aug 23 peter 63     double init_col(size_t r) const;
4353 23 Aug 23 peter 64     double init(size_t r, size_t q) const;
4353 23 Aug 23 peter 65     void update(const std::vector<Alignment>& alignments, size_t r,
4353 23 Aug 23 peter 66                 size_t rsize);
4340 16 Apr 23 peter 67   };
4340 16 Apr 23 peter 68
4340 16 Apr 23 peter 69 }}}
4340 16 Apr 23 peter 70 #endif

Generated on Sat Oct 14 02:25:50 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)